Ústav teorie informace a automatizace

Jste zde

Dr. Ing. Jan Schier

Pozice: 
Vědecký pracovník
Mail: 
Místnost: 
Fax: 
284680730
Telefon: 
266052470
Odborné zájmy: 
bioimaging a zpracování obrazu v medicíně; zpracování obrazu v mikroskopii; metody digitálního zpracování obrazu; metody pro odšumění a segmentaci obrazu; zpracování obrazové informace; open-souce nástroje pro bioimaging
Publikace ÚTIA: 

Vzdělání

Jan Schier obdržel titul Ing. v oboru Technická kybernetika na Elektrotechnické fakultě ČVUT v roce 1989 a titul Dr. (ekvivalent Ph.D.) na Fakultě jaderného a fyzikálního inženýrství (FJFI) ČVUT v Praze. Od ukončení studií pracuje v Ústavu teorie informace a automatizace AV ČR, v současné době v oddělení Zpracování obrazové informace.

Pobyty v zahraničí

V letech 1995-1997 absolovoval několik střednědobých pobytů na Fakultě elektrotechnického inženýrství, matematiky a počítačových věd (EWI), TU Delft, Nizozemsko. V letech 1998-2002 byl zaměstnán skupině SISTA/ESAT (Katedra elektrotechnického inženýrství), KU Leuven, Belgie. Odborná náplň těchto pobytů ležela v oblasti aplikovaného zpracování signálů (zpracování signálů a detekce objektů pro FMCW radarový systém detekce překážek, resp. implementace ekvalizačních algoritmů pro ADSL modemy s výpočtem v pevné řádové čárce).

Curriculum Vitae

Profesionální aktivity

V letech 2015 a 2014 byl Jan Schier předsedou programového výboru konference BIOIMAGING, v roce 2012 předsedou programového výboru konference BIOINFORMATICS, v roce 2018 předsedou Doctoral Consortium BIOSTEC 2018. Tyto akce byly součástí zastřešující konference BIOSTEC, pořádané portugalskou organizací INSTICC.

Recence příspěvky pro časopis Journal of Real-Time Image Processing (vydavatel Springer) (2007-dosud)

Vedení bakalářského projektu

Anna Mikeštíková, MFF UK (2022-2023), Analýza mikroskopických snímků dělicího vřeténka, pořízených light-sheet
mikroskopem

Popularizační aktivity

V uplynulých letech byl Jan pravidelně lektorem stáží programu Otevřená věda, organizovaného AV ČR. V současné době lektoruje v rámci stáže "Moderní metody digitálního zpracování obrazu" studenty Jana Slívu, Viktora Číhala a Tadeáša Fryčáka. Stáž byla v posledních letech zaměřena na zpracování dat z light-sheet mikroskopu, poskytnutých Ústavem živočišné fyziologie a genetiky v Liběchově, pomocí konvolučních neuronových sítí.

Jana jste také mohli potkat na stánku ÚTIA na popularizačním Veletrhu vědy

Výsledky středoškolské lektorské činnosti

  • studenti Jiří Wolker a Maria Šimůnková vyhráli v roce 2020 s prací "Segmentace dělícího vřeténka ve velkých obrazových datech pomocí konvoluční neuronové sítě DENOISEG" v sekci "Neživá příroda" Studentské konferenci Otevřené vědy.
  • Jiří Wolker vyhrál v letech 2021 a 2022 soutěž Talent Vysočiny
  • s prací "Interaktivní prohlížeč trojrozměrných rastrových snímků" se umístil na 2. místě v kategorii INGENIUM soutěže středoškolských studentů Česká hlavička (2021).
  • prohlížeč je jako utilita HyperStackView vystavený k volnému stažení v repozitáři Python Package Index (PyPI) (prosinec 2021)
  • Jiří Wolker úspěšně obhájil svůj maturitní projekt  "Grafická aplikace umožňující interaktivní prohlížení prostorových rastrových snímků" (57 stran, SPŠ stavební akademika Stanislava Bechyně, Havlíčkův Brod, květen 2022)

Ocenění

Konferenční příspěvek "Automated counting of yeast colonies using the Fast Radial Transform algorithm", jeho spoluautorem je Bohumil Kovář, získal ocenění Best paper award na konferenci BIOINFORMATICS 2011 (pořádané organizací INSTICC) v Římě.

 

PřílohaVelikost
PDF icon CV_Schier_2022_10.pdf48.23 KB
22.11.2022 - 14:40

Podrobnosti

Období: 2018 - 2020
Cílem projektu je zkoumat nové metody pořizování a zpracování barevného obrazu a využít výsledky tohoto výzkumu v praktických aplikacích s implementací v reálném čase na embedded systémech. Projekt je zaměřen na barevné/multispektrální obrazy (B/MO)s větším barevným rozlišením, mající až několik desítek spektrálních složek.
Období: 2011 - 2014
Cílem projektu je vyvinout systém pro počítačovou podporu vyhodnocování molekulárně cytogenetických analýz. Systém bude použit při vyhodnocování obrazových dat dokumentujících výsledky analýzy FISH (fluorescenční in situ hybridizace). Důraz bude kladem na automatizaci procesů lokalizace hybridizačních signálů a vyhodnocování jejich kvality.