Přestože ÚTIA nemá statut vysoké školy, významně se angažuje ve spolupráci s několika univerzitami na všech stupních studia - v bakalářském, magisterském i doktorském. Mnoho výzkumných pracovníků z ÚTIA na vysokých školách vyučuje, vede doktorandy a podílí se na organizaci studia členstvím ve vědeckých a oborových radách univerzit.

ÚTIA zajišťuje vedení pro přibližně 70 doktorandů (údaj z r. 2009) ve spolupráci s univerzitami, s kterými má ústav společné akreditace na doktorské studijní programy a obory. Jde zejména o následující vysoké školy a fakulty:

• Matematicko fyzikální fakulta, Univerzita Karlova, Praha - Informatika, Softwarové systémy, Pravděpodobnost a matematická statistika, Ekonometrie a operační výzkum (přednášky)
• Fakulta jaderná a fyzikálně inženýrská, České vysoké učení technické, Praha - Aplikace přírodních věd (přednášky)
• Elektrotechnická fakulta, České vysoké učení technické, Praha - Umělá inteligence a biokybernetika, Elektrotechnika a informatika (přednášky)
• Fakulta managementu, Vysoká škola ekonomická, Jindřichův Hradec - Management (přednášky)
• Fakulta dopravní, České vysoké učení technické, Praha -Aplikace statistických metod v dopravě (přednášky)
• Fakulta informačních technologií, České vysoké učení technické, Praha - Informační technologie (přednášky)

Studentům ústav poskytuje, kromě odborného vedení školitelem, plné vědecko-výzkumné zázemí, přístup k informačním zdrojům a možnost zapojení do projektových týmů. Kvalitní studenti doktorského studia mohou získat v ÚTIA pracovní smlouvu. Doktorské studium, tak jak je v ÚTIA organizováno, se ukázalo jako velmi efektivní a oboustranně výhodné propojení vědecké instituce a univerzit.

Do oblasti vědecké výchovy patří i udělování titulu "Doktor věd" (DSc), který uděluje Akademie věd České republiky od roku 2003 uchazečům s nejvyšší vědeckou kvalifikací. O tento titul se mohou ucházet i pracovníci mimo AV ČR a dokonce i ze zahraničí. ÚTIA je sídlem komise pro obhajoby DSc. dizertačních prací v oboru informatika a kybernetika.