Ústav teorie informace a automatizace

Dr. Ing. Jan Schier

Jan Schier 2011.jpg
Pozice: Vědecký pracovník
Odborné zájmy: bioimaging a zpracování obrazu v medicíně; zpracování obrazu v mikroskopii; metody digitálního zpracování obrazu obecně; metody pro odšumění a segmentaci obrazu; zpracování obrazové informace; open-souce nástroje pro bioimaging
Publikace na ÚTIA: seznam

Email:
Telefon: +420 26605 2470
Fax: +420 284680730
Místnost: 222
Adresa: Pod Vodárenskou věží 4, 182 08, Praha 8, Česká republika

Podrobnosti:

Vzdělání

Jan Schier obdržel titul Ing. v oboru Technická kybernetika na Elektrotechnické fakultě ČVUT v roce 1989 a titul Dr. (ekvivalent Ph.D.) na Fakultě jaderného a fyzikálního inženýrství (FJFI) ČVUT v Praze. Od ukončení studií pracuje v Ústavu teorie informace a automatizace AV ČR, v současné době v oddělení Zpracování obrazové informace.

Pobyty v zahraničí

V letech 1995-1997 absolovoval několik střednědobých pobytů na Fakultě elektrotechnického inženýrství, matematiky a počítačových věd (EWI), TU Delft, Nizozemsko. V letech 1998-2002 byl zaměstnán skupině SISTA/ESAT (Katedra elektrotechnického inženýrství), KU Leuven, Belgie. Odborná náplň těchto pobytů ležela v oblasti aplikovaného zpracování signálů (zpracování signálů a detekce objektů pro FMCW radarový systém detekce překážek, resp. implementace ekvalizačních algoritmů pro ADSL modemy s výpočtem v pevné řádové čárce).

Výzkum a odborné zájmy

Zpracování signálů Po návratu zpět do Prahy působil Jan Schier v oblasti algoritmů pro zpracování signálů a jejich implementace v programovatelném hardware (FPGA), mimo jiné v rámci průmyslové spolupráce s anglickou firmou Celoxica.

Zpracování obrazové informace Neformální spolupráce s Laboratoří kvasinkových kolonií Katedry genetiky a mikrobiologie Karlovy univerzity v Praze, která započala okolo roku 2009, zaměřila postupně jeho zájem do oblasti bioimagingu. V současné době se věnuje zejména metodám pro potlačení šumu a segmentaci obrazu a zpracování obrazové informace a jejich využití v mikroskopii, resp. ve fluorescenční mikroskopii. Rovněž se zajímá o open-source nástroje pro zpracování a vyhodonocení obrazu, zejména o systém ImageJ/Fiji.

V současné době je hlavním řešitelem projektu TAČR TA01010931 Systém pro podporu vyhodnocování metody FISH, zabývajícího se podporou diagnostiky Turnerova syndromu metodou fluorescenční in-situ hybridizace pomocí automatizovaného vyhodnocování mikroskopických snímků.

Ocenění

Konferenční příspěvek "Automated counting of yeast colonies using the Fast Radial Transform algorithm", jeho spoluautorem je Bohumil Kovář, získal ocenění Best paper award na konferenci BIOINFORMATICS 2011 (pořádané organizací INSTICC) v Římě.

Profesionální aktivity

Jan Schier je předsedou programového výboru konference BIOIMAGING 2015 (INSTICC). Ve stejné funkci působil i v roce 2014. V roce 2012 byl předsedou programového výboru konference BIOINFORMATICS 2012 (INSTICC).

Popularizační aktivity

J. Schier byl v uplynulých dvou letech lektorem několika stáží programu Otevřená věda.

Seznam projektů:

Odpovědnost za obsah: ZOI
Poslední změny: 20.11.2014
Ustav teorie informace a automatizace