Ústav teorie informace a automatizace

Jste zde

Dr. Ing. Jan Schier

Pozice: 
Vědecký pracovník
Mail: 
Místnost: 
Fax: 
284680730
Telefon: 
266052470
Odborné zájmy: 
bioimaging a zpracování obrazu v medicíně; zpracování obrazu v mikroskopii; metody digitálního zpracování obrazu obecně; metody pro odšumění a segmentaci obrazu; zpracování obrazové informace; open-souce nástroje pro bioimaging
Publikace ÚTIA: 
seznam

Vzdělání

Jan Schier obdržel titul Ing. v oboru Technická kybernetika na Elektrotechnické fakultě ČVUT v roce 1989 a titul Dr. (ekvivalent Ph.D.) na Fakultě jaderného a fyzikálního inženýrství (FJFI) ČVUT v Praze. Od ukončení studií pracuje v Ústavu teorie informace a automatizace AV ČR, v současné době v oddělení Zpracování obrazové informace.

Pobyty v zahraničí

V letech 1995-1997 absolovoval několik střednědobých pobytů na Fakultě elektrotechnického inženýrství, matematiky a počítačových věd (EWI), TU Delft, Nizozemsko. V letech 1998-2002 byl zaměstnán skupině SISTA/ESAT (Katedra elektrotechnického inženýrství), KU Leuven, Belgie. Odborná náplň těchto pobytů ležela v oblasti aplikovaného zpracování signálů (zpracování signálů a detekce objektů pro FMCW radarový systém detekce překážek, resp. implementace ekvalizačních algoritmů pro ADSL modemy s výpočtem v pevné řádové čárce).

Výzkum a odborné zájmy

Zpracování signálů Po návratu zpět do Prahy působil Jan Schier v oblasti algoritmů pro zpracování signálů a jejich implementace v programovatelném hardware (FPGA), mimo jiné v rámci průmyslové spolupráce s anglickou firmou Celoxica.

Zpracování obrazové informace Neformální spolupráce s Laboratoří kvasinkových kolonií Katedry genetiky a mikrobiologie Karlovy univerzity v Praze, která započala okolo roku 2009, zaměřila postupně jeho zájem do oblasti bioimagingu. V současné době se věnuje zejména metodám pro potlačení šumu a segmentaci obrazu a zpracování obrazové informace a jejich využití v mikroskopii, resp. ve fluorescenční mikroskopii. Rovněž se zajímá o open-source nástroje pro zpracování a vyhodonocení obrazu, zejména o systém ImageJ/Fiji.

Jan Schier byl hlavním řešitelem projektu TAČR TA01010931 Systém pro podporu vyhodnocování metody FISH, zabývajícího se podporou diagnostiky Turnerova syndromu metodou fluorescenční in-situ hybridizace pomocí automatizovaného vyhodnocování mikroskopických snímků.

Ocenění

Konferenční příspěvek "Automated counting of yeast colonies using the Fast Radial Transform algorithm", jeho spoluautorem je Bohumil Kovář, získal ocenění Best paper award na konferenci BIOINFORMATICS 2011 (pořádané organizací INSTICC) v Římě.

Profesionální aktivity

V letech 2015 a 2014 byl Jan Schier předsedou programového výboru konference BIOIMAGING, v roce 2012 předsedou programového výboru konference BIOINFORMATICS. Tyto akce byly součástí zastřešující konference BIOSTEC, pořádané organizací INSTICC.

Popularizační aktivity

V uplynulých letech byl Jan lektorem několika stáží programu Otevřená věda, organizovaného AV ČR. V současné době lektoruje v rámci stáže "Co vidí počítač v mikroskopu" studenty Josefa Poláška z Gymnázia Jana Keplera, Sotiriose Pupakise z Gymnázia Olgy Havlové a Jiřího Nábělka z Gymnázia Mikoláše Koperníka.

Jana jste také mohli potkat na stánku ÚTIA na popularizačním Veletrhu vědy

admin: 24.04.2018 - 15:06

Podrobnosti

Období: 2018 - 2020
Cílem projektu je zkoumat nové metody pořizování a zpracování barevného obrazu a využít výsledky tohoto výzkumu v praktických aplikacích s implementací v reálném čase na embedded systémech. Projekt je zaměřen na barevné/multispektrální obrazy (B/MO)s větším barevným rozlišením, mající až několik desítek spektrálních složek.
Období: 2011 - 2014
Cílem projektu je vyvinout systém pro počítačovou podporu vyhodnocování molekulárně cytogenetických analýz. Systém bude použit při vyhodnocování obrazových dat dokumentujících výsledky analýzy FISH (fluorescenční in situ hybridizace). Důraz bude kladem na automatizaci procesů lokalizace hybridizačních signálů a vyhodnocování jejich kvality.